تتبع جامعة الانبار سياسة تقليل ومنع تلوث المياه في البحيرات داخل الجامعة فضلاً عن تحملها مسؤولية متابعة نسب التلوث في مياه المسطحات المائية التابعة للمحافظة (محافظة الانبار). حيث تقوم الكوادر المتخصصة في مركز تنمية أعالي الفرات (مركز بحثي في جامعة الانبار) بالنشاطات التالية

1- فحص مياه المسطحات المائية داخل الجامعة

2- فحص مياه نهر الفرات وبحيرة الحبانية والتي تعد المصدر الرئيسي للمياه لسكان المحافظة ولجامعة الانبار

3- الفحص الدوري للمياه الجوفية تحت سطح التربة في الجامعة حيث يتم حفر الآبار واخذ عينات من المياه الجوفية وفحصها بشكل مستمر تحسبا لتسرب هذه المياه الى البحيرات او الى نهر الفرات

4- تم تصميم آلية للتخلص من التلوث الذي قد ينتج عن مجمعات الصرف الصحي لمواقع السكن الطلابي داخل الجامعة والتي تبلغ مساحتها (4500) متر مربع.